中医科成立于建院之初，是集医疗、保健、科研、教学于一体的临床一级科室。也是全市领先学科。经过几代人的努力，科室逐渐发展状大，先后两次获得全国综合性医院中医药工作示范单位，2019年获批江西省重点建设专科。目前拥有全国名老中医传承工作室——周炳文工作室。拥有医师15名，其中主任中医师6名，副主任中医师2名；博士1名，硕士6名。本科室目前有江西省名中医3名，吉安市名中医2名，江西省中青年名中医培养对象1人，兼职硕导1人，全省卫生系统学术与技术带头人培养对象2人，全市卫生系统高层次人才2人，全省中青年骨干教师1人，形成了较完善的老中青医疗人才梯队。

科室主要承担门诊与住院部的医疗、保健、教学工作，并负责实习生、进修生的教学任务。在临床方面，2019年中医科年门诊量达4万余人次，是我院门诊量最大的科室。住院部主要收治以风湿病、脾胃病、肝胆病、心血管疾病等为主的常见病及各种疑难杂症。学术方面，中医科近年来承担了国家级课题两项，省级课题十余项，在国内外医学类期刊上发表200多篇论文(其中国家医学核心期刊40余篇)，并多次在国内外获奖。科室整理和出版专著6部，主编或参编各类医学教材5部。自成立以来，中医科一直承担了井冈山大学医学部，吉安卫校的教学任务。

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